Pierwsze uruchomienie witryny o adresie www.ngo.pl miało miejsce na przełomie 2000 i 2001 roku. W ramach programu Towarzystwo Wzajemnej Informacji (wspólnego przedsięwzięcia Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności oraz Stowarzyszenia Klon/Jawor) powstała rozbudowana strona, gromadząca w formie bazy danych informacje o polskich i zagranicznych organizacjach pozarządowych.

Wkrótce na stronie – oprócz informacji dotyczących prawa, księgowości czy nowych technologii – zaczęły pojawiać się aktualności z III sektora. Stało się to dzięki temu, że Stowarzyszenie na rzecz Forum Inicjatyw Pozarządowych zdecydowało się przekazać Stowarzyszeniu Klon/Jawor program Fipress – pozarządowa agencja informacyjna. Początkowo informacje pochodziły głównie z prasówki, opracowywały je dwie osoby, wspomagane pracą wolontariuszy. Publikowano kilka informacji tygodniowo. Obecnie w zespole portalu pracuje 6 osób, a informacje są nadsyłane w 75% przez użytkowników portalu. Codziennie publikujemy około 100 informacji: newsów i ogłoszeń.

Od 2002 roku powiększony zespół redakcji ngo.pl pracował nad nowa koncepcją portalu. Efektem tych prac była zmiana systemu informatycznego i wyglądu, która nastąpiła 29 marca 2002 roku.  Portal www.ngo.pl zmienił swoje oblicze, stając się interaktywnym narzędziem informacyjnym, umożliwiającym prowadzenie dyskusji (poprzez fora dyskusyjne), wypowiedzenie się w sondach, oraz dodanie informacji bezpośrednio przez internet (za pomocą opcji dodaj wiadomość lub ogłoszenie). Rozbudowany został serwis wiadomosci.ngo.pl, a w wyniku współpracy z organizacjami pozarządowymi powstało około 30 serwisów tematycznych. Te funkcjonujące w większości do dziś serwisy mają charakter poradnikowy (ksiegowosc.ngo.pl, prawo.ngo.pl, pomocspoleczna.ngo.pl, finanse.ngo.pl) lub są poświęcone różnym zagadnieniom, istotnym dla III sektora (Unia Europejska, fundusze strukturalne, pożytek publiczny, wolontariat). Ważną i stale rozwijaną częścią portalu są także serwisy regionalne, którymi administrują ośrodki sieci SPLOT. Z portalem www.ngo.pl została połączona baza danych Stowarzyszenia Klon/Jawor – ogromny – bo zawierający wówczas blisko 80 tysięcy danych – zbiór informacji o organizacjach i instytucjach. W ramach baz danych funkcjonuje baza organizacji pożytku publicznego – jedyna taka baza w kraju, zawierająca m.in. numery kont bankowych organizacji oraz informacje o ich działalności.

W grudniu 2003 zaczęliśmy wydawać miesięcznik organizacji pozarządowych „gazeta.ngo.pl” – adresowany do tych, którzy nie korzystają z internetu. Zamieszczamy w nim wybrane artykuły z portalu, zaproszenia i relacje z wydarzeń. Docieramy z nim do blisko 2000 odbiorców.

Wewrześniu 2005 roku, w ramach IV OFIP-u hucznieobchodziliśmy 5-lecie portalu organizacji pozarządowych www.ngo.pl. Na obchodach spotkało się blisko 800 osób: pracownicy i partnerzy, czytelnicy oraz duże grono sympatyków. Impreza nie miała charakteru oficjalnej gali, a raczej towarzyskiego spotkania przyjaciół i była wspaniałą okazją do poznania się i wspólnej zabawy, a także podsumowania dotychczasowego imponującego dorobku portalu.

W grudniu 2006,według badania Megapanel (przeprowadzonego przez firmę Gemius) portal ngo.pl znalazł się na 12 miejscu wśród najpopularniejszych w Polsce niekomercyjnych serwisów internetowych.

Po tych latach śmiało można powiedzieć, że portal www.ngo.pl osiągnął pozycję jedynego liczącego się pozarządowego medium, prezentującego stanowisko III sektora w ważnych kwestiach (takich jak np. 1% a podatnicy liniowi, czy akcje zbierania podpisów pod różnymi listami). Aktywnie włączamy się w kampanię społeczną „1% podatku na rzecz OPP”. Współpracujemy z administracją publiczną, np. przy okazji wyborów do Rady Działalności Pożytku Publicznego czy do komitetów monitorujących i sterujących, co świadczy o tym, że nasza rola jest doceniana przez sektor publiczny.  Rozwijamy również współpracę z mediami, czego przykładem są wspólne akcje z Gazetą Wyborczą („Pozarządówka czeka na ciebie” czy serwis w portalu gazeta.pl, poświęcony pożytkowi publicznemu). Współpracując z serwisami bankier.pl czy pracuj.pl promujemy III sektor wśród osób, które nie zetknęły się wcześniej z organizacjami pozarządowymi. Publikujemy badania dotyczące III sektora, które są chętnie wykorzystywanym źródłem wiedzy o społeczeństwie obywatelskim przez dziennikarzy, polityków i akademików. Stale rozwijamy współpracę z organizacjami pozarządowymi. Oprócz około 30 znanych i dużych organizacji, zajmujących się serwisami, wiele małych, lokalnych organizacji korzysta z serwisu wiadomosci.ngo.pl, promując za jego pośrednictwem swoje działania. Rozwinęliśmy usługę patronatów medialnych – przez ostatnie 1,5 roku objęliśmy patronatem ponad 80 różnych wydarzeń i inicjatyw. Stale świadczymy usługi internetowe dla organizacji, udostępniając im bezpłatne konta pocztowe e-mail i www – w ramach usługi free.ngo.pl. Zasoby informacyjne portalu ngo.pl stały się imponującym archiwum III sektora  – w samym serwisie wiadomości (a więc bez ogłoszeń drobnych i bez serwisów tematycznych i regionalnych) znajduje się obecnie około 28 000 informacji, dokumentujących działania organizacji pozarządowych.